Может ли временная регистрация быть причиной отказа в жилищном сертификате?

Нет, конечно, временная регистрация (т.е. регистрация по месту пребывания), означает только то, что гражданин временно проживает в данном жилом помещении на срок этой регистрации, при этом ни права собственности, ни права постоянного проживания в этом жилье, у него нет.

Основанием для отказа в получении сертификата может быть только наличие у гражданина в собственности или в пользовании по договору социального найма жилого помещения свыше установленной учётной нормы.